Zlatá stoka tvoří vodní spojnici jižní a severní části Třeboňské pánve - je dlouhá 45 km (š. kolísá cca mezi 5 - 7 m, hl. cca 1 m) a napájí i odvodňuje prostřednictvím bočních kanálů 57 rybníků a v minulosti poháněla celou řadu mlýnů, pil, valch, zásobovala vodou Třeboň a Lomnici nad Lužnicí a v některých úsecích byla stoka využívána také pro plavení dřeva a to až do r. 1937. Dno bylo vymazáváno těsnícím jílem, aby nepropouštělo vodu a v nižších polohách byla stoka vyzdvihována nad terén - tzv. sedlána. Její celkový absolutní spád, tj. rozdíl výšek mezi úrovní na jejím začátku u jezu Pilař a na jejím vtoku do Lužnice u Veselí nad Lužnicí činí 32, 5 m, průměrný sklon stoky činí na 1 km pouhých 28, 5 cm. Vodohospodářský význam, po celé délce napájí a odvádí vodu ze soustavy rybníků.